1、系统的安全性
Linux系统的漏洞更容易被发现，毕竟是开源的，而Windows是微软公司的，一个公司再强大，他的精力和技术也是有限的。但是因为现在很多商家开发的硬件都是针对Windows系统的，所以很多硬件都没有Linux版的驱动，所以Linux系统对硬件的兼容性比不上Windows系统。
2、操作系统的稳定性
就操作系统的稳定性而言，Linux操作系统的稳定要比Windows更好。Linux是开源的系统，补丁都比较及时，很少有黑客来攻击，所以在稳定性方面Linux系统要稍微好一些。
3、网站制作的语言
网站制作的语言不同，选择的操作系统也不同，如果网站是用ASP语言编写的，那么就需要选择Windows操作系统，因为ASP语言是微软公司的，所以Linux系统不支持，因此只能选择微软自己的操作系统。如果网站是用PHP语言编写的，就可以选择Linux系统，因为在Linux系统上常用的组合是Linux加上Apche和Mysql数据库，这个架构对PHP语言编写的网站来说，运行会更加有效，也更加的稳定。如果网站是通过ASP和PHP两种语言编写的话，建议使用windows系统，因为Windows系统支持Linux操作系统的架构，相反Linux操作系统却不能支持ASP语言。
4、操作的简便性
Windows是图形界面的，上手比较方便，而Linux系统是需要用命令来操作的，如果想操作Linux系统的话，需要有一定的基础。Linux系统每一步操作都是需要输入命令代码的，如果对Linux系统一点都不懂的话是没法操作的。
